A investigação científica, tecnológica e museológica esteve na base de todas as actividades desenvolvidas no Museu. A formação pré e pós graduada beneficiou positivamente com as pesquisas bibliográficas e iconográficas fundamentadas na informação contida nas obras ou periódicos pertença do Museu bem como com o significado das suas colecções. É de referir o precioso contributo dos "Reservados" do Serviço de Documentação e Iconografia da Faculdade de Medicina do Porto que facultaram um melhor conhecimento do passado da Medicina Nacional e Estrangeira desde o século XVI à actualidade e uma fácil compreensão da evolução do livro médico antigo. O intercâmbio estabelecido com instituições relacionadas com a História da Medicina ou a Museologia Médica permitiu definir linhas de investigação comuns onde a experiência portuense e portuguesa foi incentivada e apreciada. De importância capital se revestem os pareceres dos responsáveis pelos Serviços da Faculdade de Medicina do Porto para a compreensão do significado e função das doações feitas a esta Instituição. Mantem-se um diálogo permanente com a Sociedade de História da Medicina Portuguesa, a Sociedade Portuguesa de Museologia, a Sociedade de Estudos do século XVIII, a Association Européenne des Musées d'Histoire des Sciences Médicales, a American Medical Museum Association, a Royal British Society of Medicine, pela Secção de História da Medicina, a Belgian Association for the History of Medicine e a International Society of History of Medicine, entre outras.